1、操场埋尸案，剧集刚开篇，督导组来到绿藤市重启麦自立失踪案。此人当年是村村通工程的质量监理，2004年工作期间突然失踪，音讯全无，妻子薛梅14年坚持上访，在终于等来了督导组的那一天，却不幸遇害。以此线索展开，2019年震惊全国的新晃一中操场埋尸案浮出水面。当年第16督导组进入湖南省时，接到了一位名叫邓玲写给督导组的信件，其内容是2003年春节前夕，她的父亲邓世平跟往常一样去新晃一中学上班，可这一去从此人间蒸发。随着信件寄出，一个被深埋地下16年的惊人真相重见天日。督导组得知后非常重视，决定重启失踪案，并在不久后于新晃一中的操场下挖出一具男尸，经过法医查验证实是已消失了十多年的邓世平。现在把时间退回到2003年，当时新晃一中正计划修建一座后山体育场，此工程对外进行了招标，不过承接体育场项目的却是校长黄炳松的外甥杜少平。工程敲定后，邓世平作为校方监督工程质量跟施工安全的代表监理，去往工地验收，期间他发现了建筑架构存在巨大安全隐患，说白了就是偷工减料。邓世平拒绝验收签字，当面喝止未果后，他还写了多封匿名信投诉。但信件并没有递交到教育局，而是落在了校长黄炳松手中，他与外甥两人违规操作竞标，怕邓世平把事情闹大，于是将其杀害，并把他的尸体埋在了学校操场之下。将其灭口后，黄炳松又利用自己的关系网上下打点，彻底消灭证据，勾结办案人员不予立案，没有人证，没有物证，更没有口供，来了个死无对证。此案件被埋藏多年，经由督导组查办后才真相大白，涉案人员全部依法处理，操场埋尸案至此尘埃落定，终于还了死者公道。《扫黑风暴》中的麦自立原型，正是工程监理邓世平。
2、长沙马王堆菜霸案，随着剧情继续推进，第二个线索人物杨东出现，他在剧中是一个菜霸形象，垄断菜市场，控制菜价和菜商的进货渠道从中牟利。以此对应的人物，有的媒体号说应该是海南的黄鸿发。但对照剧集里的杨东，他只不过是高明远恶势力内不值一提的小人物，势力范围也只局限于批发市场，与海南黄鸿发垄断铁矿、石场、砂场、钱庄、娱乐场所、土建工程等，简直是小巫见大巫，不能相提并论。所以杨东欺行霸市的这个角色原型并非是黄鸿发。如果要拿来对号入座的话，黄鸿发这个级别怎么看都应该是高明远。毕竟剧中爆破八通大厦的素材来源就是黄鸿发集团的揽金大厦。
此楼所处地段在海南因没有合规手续而备受争议，只因他势力滔天无人敢动，才能明目张胆地任意盖楼。督导组进入海南后为表办掉黄鸿发的决心，直接把这栋大厦当成违建给爆破了，正如剧里的桥段，八通大厦不倒，绿藤没个好。说回杨东，较为符合的原型人物是长沙马王堆农贸市场，以何军、汤军辉等4名主犯，还有他们手底下一帮打手的菜霸团伙。他们用武力威胁方式强行垄断了马王堆批发集散地，以干股形式入驻市场，所有蔬菜出售都要经由他们之手抽成再进行发售。为了从中获利，何军、汤军辉等几位领头人恶性提升菜价和停车费，获利高达千万，这些钱财可都是从菜农身上割下的肉。剧里菜商想多赚点钱私自进菜被杨东给废了的画面，正是菜霸案真实发生的事情。他们的行为极其恶劣，已严重影响到民生，督导组入驻后直接将这个菜霸团伙一窝端掉，案件告破，大快人心。
3、孙小果案，接下来说的是剧集里最纯粹的恶人孙兴。他的原型就没什么争议了，连姓氏都懒得改，很明显是云南孙小果案。作为剧里最招人恨的角色，现实中的孙兴则更加狠辣无情。话说2018年7月21号的晚上，在昆明一家KTV里，有这么两方人发生了口角，其中一姑娘打电话摇来一个满脸横肉的胖子，这家伙刚到二话没说就踢爆了对方王某的膀胱，后来报警后被定为二级重伤。警方此时介入调查，伤人者名为李林辰，在昆明有多家娱乐场所，是个大老板，而再一深入调查竟发现他还有着另一重身份，是早20年前就应该被枪毙的孙小果。正好这个时候督导组进入了昆明，对此案十分重视，成立专案组进行调查，就此揭开了尘封20年的真相。孙小果父母都是警察队伍里的公职人员。他曾经也是一名预备役武警战士，但因个人作风问题不予入职。1994年10月，孙小果与另外几名社会闲散人员在外闲逛，偶遇两名漂亮女孩，于是起了歹心，光天化日下就把两个女孩直接虏到车上给祸害了。后来东窗事发，证据确凿，孙小果被批捕判了三年，但关键是未被收监执行，判了等于没判，从此之后孙小果更加猖狂，毁在她手里的女孩不下百人。殴打恫吓、精神摧残，手段简直不忍直视。剧中徐英子咬桌角的片段就是经此而来，在现实里那个咬桌角的女孩可要惨得多，满口牙都被打碎了，牙签刺进指甲肉里，七根肋骨骨折，右脑严重损伤，治好也是个残废。被迫害者家属多次到警局报案，孙小果再次被逮捕，数罪并罚被判死刑。但结果他还是没死成。这里就离不开他身为警察的母亲，也就是剧中贺芸的原型孙鹤予，还有他的继父李桥忠对恶魔之子的庇护了。孙小果的母亲孙鹤予年轻时颇有几分姿色，与孙小果生父离婚后结识了五华分局副局长李桥忠，再婚后李桥忠对孙鹤予言听计从。李桥忠助她在警队连升三级，并成了孙小果最大的保护伞，他为人仗义，人脉甚广，在变态“母性”软磨硬泡下助纣为虐，纵容孙小果的恶行，为他挂上了免死金牌。以至于孙小果被判死刑也能逍遥法外。刚出狱就摇身一变成了娱乐大佬，住进了大别墅，开上了劳斯莱斯。督导组接手此案后进行了重审，孙小果维持1998年一审原判，死刑并立即执行，这个打不死的小强，活路总算是走到了头。
