1、生物除磷规定造就适合聚磷菌生长发育的自然环境，进而使聚磷菌群体增殖。在加工工艺上可设定厌氧、好氧更替的自然环境前提，使聚磷菌获取可选择性倍增。最先务必在厌氧区调节严苛的厌氧自然环境。这关乎聚磷菌的生长状况、释磷能力及运用有机基质合成PBH的能力。另一方面是务必在好氧区具备充分的溶解氧。以考虑聚磷菌对储存的PHB开展溶解，挥发足够的力量供其超量摄磷之用，便于合理的消化废水中的磷。通常厌氧段的DO要严格控制在0.2mg/L以下，二好氧段的DO要调节在2mg/L以上。
2、硝酸盐在厌氧阶段存有时，反硝化细菌与聚磷菌竞争优先运用底物中甲酸、乙酸、丙酸等低分子有机酸，聚磷菌处在劣势，控制了聚磷菌的磷挥发。唯有在污水中聚磷菌务必的低分子脂肪酸量足够时，硝酸盐的存有才可能不会危害除磷实际效果。
3、污水生物除磷好氧池的适宜pH为6~8。污水中保持一定的碱度具备调节作用，可致pH保持稳定性，为使好氧池的pH保持在中性附近，池里剩下总碱度宜高于70mg/L。
4、聚磷菌厌氧释磷时，伴随消化易溶解有机物存储于菌体内，若BOD5/TP比值过低，危害聚磷菌在释磷时不可以有效地消化和存储易溶解有机物，进而危害其好氧吸磷，使除磷实际效果减少。 通常觉得，渗水BOD5/TP高于15，才能够获得理想的除磷实际效果。为此，能够采用部分渗水和跨过初沉池的方法，获取除磷务必的BOD5量。
5、生物除磷关键是根据排除剩下污泥来保持的，因而剩下污泥的多少会对除磷实际效果造成危害，污泥龄短的系统造成的剩下污泥较多，能够获得较高的除磷实际效果。
6、一般而言，温度在10~30℃，都能够获得不错的除磷实际效果。
