17～18世纪，这类假说与理论採取了更为明确的形式，有过机械论与、先成论与后成论的对立观点。在19世纪，进化论与神创论的斗争震撼了整个学术界。20世纪初期，又有新活力论和机械论、和反还原论的争论，这些争论有的二十一世纪仍在继续。20世纪40年代以来，随着生物学的发展，人们对生物学哲学问题的兴趣有了明显的增强。

在生命起源问题上，有三种，即：。神创论认为生命是神、上帝创造的；生源论主张生命只能来自生命；自然发生论认为生命随时都能突然从腐败物质中发生。17世纪F.雷迪(1626～1697)第一次试图用实验检验自然发生。后来L.巴斯德(1822～1895)完成了一系列实验，使传统的自然发生论受到了致命的打击。神创论也在自然科学的进攻下处于日暮途穷的境地。于是，19世纪下半期生源论一度流行；与此同时，一些学者提出输入说，认为地球上的生命起源于陨石从地外带来的生命胚种。20世纪以来，经过..奥帕林、J.B.S.霍尔丹、J.D.贝尔纳、H.C.尤里、H.J.马勒、S.W.福克斯、M.卡尔文等人的开创性工作，积累了大量的资料，产生了现代生物学对生命起源问题的看法，认为生命是在地球形成早期化学物质长期进化的结果，从非生命到生命的转化大约完成于38～40亿年前，大体经历了四个阶段，即由无机小分子形成有机小分子，由有机小分子形成生物大分子，由生物大分子形成多分子系统，由多分子系统发展为原始生命。

有些现代自然科学家在承认生命起源于化学进化的前提下，又提出了不同的观点。偶因论认为，生命在地球上只出现过一次，原始核酸与原始蛋白质形成特定的关係完全是意外的。这种看法有的根源，因为遗传密码与光活性的起源尚未被揭示出来，但也与漠视偶然性与必然性的有关。有人恢复了19世纪的输入说，认为原始大气是否有还原性还成问题，因为原始海洋中有机大分子的缩合机制并不清楚，而且新近又从陨石与星际发现不少有机分子，所以地球上的生命可能起源于地球以外。又有人认为，地球以外可能存在生命与地球上的化学过程必然出现生命是两个彼此无关的独立事件。儘管地球上生命起源的若干具体机制尚未在实验中得到证实，但问题的最终解决不会有利于输入说。

在生命的本质问题上历来存在着4种基本观点：

它盛于17～18世纪,力图用力学规律解释生命的本质。后来的许多学者继承了这一思想，他们有时把生命归结为物理-化学的规律,有时把生命等同于自控机；

它与机械论相反，论为一切有机体都有一种难以捉摸的、无法测量的激活生命的因素，这种因素被称为活力、生命力或隐得来希，它是生命之所以为生命的本质。活力论不仅在理论上遭到了批判，而且已经被生物学实验所否定；

它强调生命不同于非生命的本质在于生命的整体性。整体论内部分为三派：突现论、阶序结构论与有机论。它们的共同点是反对还原论，捍卫生物学的自主性。在生物学史上，整体论与活力论有时难以区分，20世纪的整体论者力图摆脱用活力论解释生命本质的影响；

它主张生命系统在本质上都可以还原为物理 -化学的规律，重视对整体的较低层次的分析，否认生命运动形式有自己的本质特点。它反对活力论，而倾向于机械论。

对生命本质的揭示，必然要回答生命是什幺的问题。早在19世纪70年代恩格斯就说过,“生命是蛋白体的存在方式，这种存在方式本质上就在于这些蛋白体的化学组成部分的不断的自我更新”（《马克思恩格斯全集》第20卷，第88页）。这个定义无疑反映了当时自然科学的状况。百余年来自然科学，特别是的发展，大大加深了人们对生命的理解，许多学者力图概括出一个反映当代科学成就的生命定义，但分歧很大。另一方面，有些自然科学家认为找不出非生命与生命之间的绝对分明的界限，因而反对给生命下定义。根据现代科学的发展,给生命下定义是可能的和必要的。所谓生命,就是具有不断自我更新能力的、主要由核酸与蛋白质组成的多分子系统，它具有自我调节、自我複製和对体内外环境的选择性反应的属性。

生物进化论在 19世纪后半期已经取得决定性胜利。20世纪以来围绕进化的争论主要有下列3个方面：

某些哲学家认为进化论不是一种，而是一个研究纲领。一些生物学家也附和这种说法。他们的理由有二：一是进化不可检验，二是进化不能预言。第一条理由已被科学发展的成果所驳倒，第二条理由仍在争论中。相反的意见认为进化有客观规律可循，它是可以预言的，不过进化论所预言的不是个别物种的未来进化，也不是某一个体的某种物征将在何时出现，而是进化的方式与格局，如杂合子的优势、未被占领的小生境将由未特化的物种占领，等等。

一部分现代生物学家认为,进化的根基是绝对自由的纯粹偶然性,因而在进化中只有偶然性起作用。反之，许多生物学家则认为，如果进化只是混乱和无序，它就不可能是科学研究的对象。他们强调,不能对进化作机械必然性的理解,进化的必然性具有多种多样的表现形式。也有些生物学家认为偶然性与必然性在进化中是分别起作用的。如偶然性在变异中起作用，必然性在选择中起作用；又如在巨观进化上必然性起作用，在分子水平的进化上必然性与偶然性都起作用。在这里对必然性与偶然性的辩证关係尚有待于作进一步的深入探讨。

法国生物学家拉马克提出,动物界的进化是从简单到複杂的进步过程,并相信一切生物都有一种日趋完善的内在力量。认为生物在总体上是进步的，不过在少数情况下有退化。他不同意拉马克所说的内在力量，认为自然选择才造成生物机制的进步。与这种理论相反，20世纪有些生物学家宣称，进化伴随进步的论点已经陈旧。美国生物学家G.辛普森不同意这种说法，他于1950年提出，进化中确实出现过进步，但进步在进化中并不是贯彻始终的。艾拉于1974年进而引入“一致进化”和“净进步”概念，认为在进化系列中每个较后的成员按照某一标準都比每个较早的成员完善，而系列中较后的成员按平均数计算都比较早的成员完善，这种计算允许暂时波动。他提出“净进步”是生物进化的一个特徵。事实上，按照达尔文的进化论，生物的进化与任何事物的发展一样，都不是直线上升的，总体的进步并不排除局部的退步、停滞与消失。当然，进步的标準应当是综合的，而不是单一的。

1893年，英国生物学家发表《进化论与伦理学》一书，侧重探讨生物过程与伦理行为(见)。该书在当时曾引起巨大反响。最近几十年这一主题又重新得到广泛讨论。争论的实质是生物学能否为伦理準则提供基础的问题。20世纪40年代J.赫胥黎提出，无私、坚定等伦理美德具有生物学基础。60年代R.阿尔德雷和K.洛伦茨宣称，讹诈、侵略和谋杀等都是人从动物祖先继承下来的先天特性。但F.A.孟塔格则认为，这种观点不符合人类学研究的成果，而且会为侵略者开脱罪责。不少学者还强调生物进化与善恶问题无关。

伦理遗传决定论与赫胥黎父子等所倡导的相呼应，它用遗传的差别解释人类伦理行为的差别，试图从遗传学上寻找或利已主义的基础。例如，它认为攻击性行为是由于多一条性染色体引起的。不少生物学家和哲学家指出，这种理论在上是不可靠的，在上是有害的。马克思主义认为，将複杂的人类行为归因于“一个基因、一种行为”的遗传模式是错误的。因为，人是社会的产物,除某些遗传性疾病外,对人的行为起决定作用的规律是社会规律。那种试图从进化或遗传因子中寻找人类道德规範的做法，是对生物学知识的滥用。